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Hay un montón de archivos pdf en /home/user/input/ Entonces por un lado hay un bash

#!/bin/bash
 
gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dQUIET -dNOPAUSE -sOutputFile=/home/user/out.pdf -dBATCH /home/user/input/*.pdf
 
cp /home/usradmin/mergepdfs/output/out.pdf /var/www/webfolder/out.pdf
 
rm /home/user/input/*

y por otro el php con un countdown

<?php
    exec("/home/usradmin/mergepdfs/merge.sh");
?>

<p>El archivo se descargará en <span id="counter">30</span> segundo(s).</p>
<script type="text/javascript">
 
function countdown()
    {
    var i = document.getElementById('counter');
    if (parseInt(i.innerHTML)<=0)
        {
        location.href= 'out.pdf';
        }
 
if (parseInt(i.innerHTML)!=0)
    {
    i.innerHTML = parseInt(i.innerHTML)-1;
    }
}
setInterval(function(){ countdown(); },1000);
</script>

Todo en un mismo archivo, por ejemplo convert.php

Se cargan los pdf en input, se ingresa desde un navegador al convert.php y va a proponer la descarga de todo mergeado.