Hay un montón de archivos pdf en /home/user/input/
Entonces por un lado hay un bash

<code bash>
#!/bin/bash

gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dQUIET -dNOPAUSE -sOutputFile=/home/user/out.pdf -dBATCH /home/user/input/*.pdf

cp /home/usradmin/mergepdfs/output/out.pdf /var/www/webfolder/out.pdf

rm /home/user/input/*
</code>

y por otro el php con un countdown


<code php>
<?php
    exec("/home/usradmin/mergepdfs/merge.sh");
?>
</code>
<code javascript>
<p>El archivo se descargará en <span id="counter">30</span> segundo(s).</p>
<script type="text/javascript">

function countdown()
    {
    var i = document.getElementById('counter');
    if (parseInt(i.innerHTML)<=0)
        {
        location.href= 'out.pdf';
        }

if (parseInt(i.innerHTML)!=0)
    {
    i.innerHTML = parseInt(i.innerHTML)-1;
    }
}
setInterval(function(){ countdown(); },1000);
</script>
</code>

Todo en un mismo archivo, por ejemplo convert.php


Se cargan los pdf en input, se ingresa desde un navegador al convert.php y va a proponer la descarga de todo mergeado.